Исследователи из MIT представили MDGen — новую генеративную модель для моделирования молекулярной динамики. В отличие от традиционных методов, требующих 3 часов GPU-времени, MDGen способна генерировать эквивалентные 100-наносекундные траектории всего за 60 секунд на GPU.
Моделирование методом молекулярной динамики было проведено для 3000 тетрапептидов (обучающий набор), 100 (валидационный набор) и 100 (тестовый набор) на протяжении 100 наносекунд (нс). MDGen успешно воспроизвела структурные и динамические свойства молекул, соответствующие результатам классического моделирования.
Эта гибкая модель направлена на снижение вычислительных затрат при адаптации к различным задачам, включая моделирование, поиск путей перехода и молекулярный дизайн. Проверенная на симуляциях тетрапептидов, MDGen успешно генерировала реалистичные белковые ансамбли, демонстрируя свой потенциал для расширения возможностей использования МД-данных за пределами традиционных методов.
Источник новости и обложки: www.azorobotics.com